Criado em 1963 pela American Atheists, este é um logotipo internacional simbolizando o ateísmo. Um símbolo da ciência, da abstração do pensamento e um símbolo da universalidade, o átomo foi escolhido por ter sido uma redescoberta da ciência contemporânea, com origens nos pensadores gregos da antiguidade. Assim, o passado da humanidade, o presente que nós construímos, e o futuro que nos reserva estão presentes neste símbolo.

O átomo era, na altura em que o símbolo foi concebido, a partícula mais pequena da matéria. Ao mesmo tempo, o átomo está presente em todo o universo. É a partícula de um elemento, e a propriedade desse mesmo. É a unidade e a totalidade.

Uma das órbitas do átomo é aberta, para dizer que apesar de continuarmos na nossa jornada pela busca do conhecimento e da verdade, não temos ainda todas as respostas. A própria órbita vertical aberta representa a letra «A» de «ateísmo», e ao centro da mesma está a inicial do país que hospeda a associação ateísta, neste caso adoptado pelo Ateísmo.net com sede em Portugal. (Diário Ateísta, 22/07/2004).