Muitas pessoas pensam que, como se escreve "existiam" também se pode escrever "haviam".  Mas essa interpretação vem do desconhecimento da regência dos dois verbos.

Na primeira frase, "habitantes" é o sujeito do verbo existir.

Na segunda frase, "habitantes" é o objeto direto do verbo haver.

Os habitantes existiam.  Mas não podemos dizer que eles haviam. O verbo haver é um verbo sem sujeito, e "habitantes" aí é objeto direto.  Por isso, haver não pode ir para o plural como existir.  Verbo sem sujeito é invariável quanto ao número, ficando sempre no singular.

Observação: O verbo "haver" tem flexão de número quando é verbo auxiliar. Exemplo: Os portugueses não haviam imaginado que houvesse humanos habitando as terras do outro lado do Atlântico.